Danke nochmal für Deine Antworten. Ich bin endlich dazu gekommen, das mal auszuprobieren. Hätte ich das vorher getan, hätte sich dabei schon meine Frage beantwortet 😂 Ich hatte es falsch in Erinnerung, dass das Sitepackage bei entsprechender Einstellung das Bootstrap Package beinhaltet. Das ist natürlich Quatsch und wäre in letzter Konsequenz ja auch grober Unsinn, da damit ein Update des Bootstrap Packages unmöglich geworden wäre.
Wenn man das Sitepackage mit Bootstrap Package erstellt, wird eine Abhängigkeit in der composer.json eingefügt und beides wird ordentlich miteinander verdrahtet, sodass Anpassungen an Funktion und Aussehen über das eigene Sitepackage geregelt werden kann, und das Bootstrap Package bleibt von allem unberührt und kann ganz normal aktualisiert werden.