Ich weiß jetzt nicht genau, wie OneDrive funktioniert, aber bei iCloud ist es zB so, dass Dateien, auf die länger nicht mehr zugegriffen wurde, lokal gelöscht werden und nur eine Verknüpfung zu den Dateien erhalten bleibt. Erst, wenn man dann wieder auf diese Dateien zugreifen will, werde die wieder aus der Cloud geladen. Bei großen Dateien kann das dann auch mal nen Moment dauern.
Ich könnte mir vorstellen, dass das auch bei den vielen kleinen Dateien passiert, die im vendor-Ordner oder sonst wo in der TYPO3-Installation rumfahren. Und dass dann ein Aufruf erstmal zu Fehlern führt, bis wieder alles synchronisiert ist. Müsste man vielleicht mal testen.