Ich habe das zwart noch nicht vollumfänglich in v13 analysiert aber der Befehl bewirkt ja im Grunde die Ausführung einer Core-Funktionalität, die fehlende Verzeichnisse neu anlegt.
Soweit ich gesehen habe, greift exakt der gleiche Prozess beispielsweise bei Ausführung des "setup" CLI Commands. Auch an anderen Stellen kommt die zugehörige Klasse TYPO3\CMS\Install\FolderStructure\DefaultFactory
zum Einsatz, wie etwa dem "Environment"-Modul in den "Admin Tools", welches über den Dialog "Directory Status" per Klick auf den Button "Try to fix file and folder permissions" diesen Prozess auslöst.
Es ist also nicht zwingend erforderlich das ganze über einen Konsolen-Befehl auszulösen. Du kannst es ebensogut "von Hand" auslösen.
Randnotiz:
Der Klick auf den Button "Try to fix file and folder permissions" funktioniert im aktuellen Maintenance Release von v13 noch nicht wegen folgendem Issue:
https://forge.typo3.org/issues/103048
Das ist aber bereits gefixt worden und wird mit dem nächsten Maintenance Release behoben sein. Für v13 gibts zwar noch keine offizielle Roadmap für die Maintenance Releases
https://typo3.org/cms/roadmap/maintenance-releases
aber vielleicht kommt der nächste ja zeitgleich mit dem v12 release am 12.03. heraus. Zumindest bei letzten Security Release am 13.02. stimmte das Veröffentlichungsdatum überein.